Mindkét fiók típus esetén lehetőség van saját eszközről emailek küldésére és fogadására. Viszont amíg a POP3 esetén csak a bejövő emailek tárolódnak a szervereinken, általában csak addig, amíg a kliens gép letölti őket, addig az IMAP esetén a levelek és a létrehozott mappák is a szerveren tárolódnak.
Az IMAP esetén tehát ha több eszközről használjuk ugyanazt a fiókot, akkor (megfelelő beállítások mellett) a mappák minden eszközön látszanak, az egyik gépről küldött, vagy épp egy másik mappába áthelyezett emailek a másik eszközön is láthatóvá válnak, illetve akár a webes felületről egy böngészőből is elérhetőek a teljes levelezés.
Látszólag tehát az IMAP szinte mindenben többet tud. Vannak azonban hátrányai is. Mivel nyilvánvalóan nagyobb a tárolási és erőforrás igénye, ezért a szolgáltatás költsége is magasabb. Fontos, hogy mivel a kliens nem csak egyszer letölti a levelet és mindent helyben használ, hanem folyamatosan kommunikál, ezért a mappák használata hosszadalmasabb lesz, lassú internet kapcsolat esetén ez akár lényeges lassulás is lehet. Példának okáért egy levél elküldése akár 2-3 -szor is több időt vehet igénybe, hiszen a levelet el kell küldeni, majd a küldött mappába fel kell tölteni, majd az elküldött mappát le kell szinkronizálnia a kliensnek. A kliensek egyben egy komoly „index” állományt is fenntartanak, hiszen folyamatosan tudniuk kell, hogy az egyes mappákba megjelent -e új levél esetleg. Egy kisebb memóriával rendelkező telefon bizony könnyedén megtelhet.
Az IMAP fiók esetén érdemes lehet elgondolkodni, hogy csak azok a mappák kerüljenek az IMAP alá, amiket valóban fontos több helyről látni, s a nagyobb méretű (csatolmánnyal rendelkező) emaileket továbbra is érdemes lehet a saját gépen tárolni.
Fontos tudni, hogy az IMAP mappák esetén egy Mappa vagy csak almappákat tartalmazhat (gyűjtő mappa), vagy csak emaileket (állomány). Vegyesen nem lehet kialakítani a mappa szerkezetet. Azaz egy emaileket tartalmazó mappa esetén annak nem lehet további almappája, így például a „Bejövő” emailek mappa sem tartalmazhat almappákat.
Fontos korlát, hogy a POP3 típusú fiók esetén, a bejövő emaileket tartalmazó mappa mérete nem érheti el a 2Gb -os méretet ideiglenesen sem. IMAP esetén az alap díj 4Gb tárhelyet tartalmaz. Ha a mappák összesített tárhely foglalása ezt meghaladja, akkor további tárhely díj kerül felszámításra.
POP3 fiók esetén 50 MB mappa méret felett a 60 napnál régebbi és 100MB felett a 15 napnál régebbi emailek központilag törlésre kerülhetnek.